Una aproximación al problema de la Subsecuencia Común más Larga de Múltiples Secuencias usando entropía de Shannon
DOI:
https://doi.org/10.17268/sel.mat.2019.02.13Palavras-chave:
Algoritmo Heurístico, Subsecuencia, Subsecuencia Común, Alineamiento, EntropíaResumo
El problema de la Subsecuencia Común más Larga de Múltiples Secuencias (SCLM), ha sido ampliamente estudiado en Ciencias de la Computación por más de 40 años, motivado principalmente por sus diversas aplicaciones en Bioinformática. En este artículo se presenta un algoritmo heurístico que estima una o más soluciones al problema SCLM, utilizando entropía de Shannon como una medida de la información para determinar alineamientos con el mayor numero de coincidencias.Referências
Blin, G., Bulteau, L., Jiang, M., Tejada, P. J. And Vialette, S. Hardness of Longest Common Subsequence for Sequences with Bounded Run-Lengths. Springer Berlin Heidelberg, Berlin, Heidelberg, 2012; 138–148.
Cover, T. M., and Thomas, J. A. Elements of information theory. John Wiley & Sons, 2012.
Forero, W. E. S. Estudio comparativo de algoritmos para el problema de la subsecuencia común más larga restringida / comparative study of algorithms for the constrained longest common subsequence problem. Magíster en ciencias de la Ingeniería de sistemas y computación, Junio 2010.
Hakata, K., and Imai, H. The longest common subsequence problem for small alphabet size between many strings. Algorithms and Computation (1992), 469–478.
Huang, K., Yang, C.-B., Tseng, K.-T., et al. Fast algorithms for finding the common subsequence of multiple sequences. In Proceedings of the International Computer Symposium, 2004; 1006–1011.
Korkin, D. A new dominant point-based parallel algorithm for multiple longest common subsequence problem. Technical Report TR01-148, Univ. of New Brunswick, Tech. Rep. 2001.
Li, Y., Li, H., Duan, T., Wang, S., Wang, Z., and Cheng, Y. A real linear and parallel multiple longest common subsequences (mlcs) algorithm. In Proceedings of the 22nd ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, 2016; ACM:1725–1734.
Maier, D. The complexity of some problems on subsequences and supersequences. Journal of the ACM (JACM), 1978; 25(2), 322–336.
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